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O grande espaço museológico de Coimbra por excelência é o Museu Nacional de Machado de Castro junto à Sé Nova, instalado no antigo Paço Episcopal da cidade. Considerado um dos mais importantes museus do país, possui colecções importantes de pintura, escultura, ourivesaria, cerâmica e têxteis.
A universidade possui também colecções museológicas de raro valor, destacando-se as colecções de instrumentos científicos dos séculos XVIII e XIX do Museu de Física, e as colecções de Antropologia, Zoologia, Botânica e Mineralogia do Museu de História Natural. Recentemente, estas colecções foram agrupadas no Museu de Ciência da Universidade, que é assim um dos núcleos museológicos de ciência mais importantes a nível europeu.
Coimbra é também uma cidade de arte, existem 31 galerias de arte espalhadas por toda a cidade, que receberam mais de 200 000 visitantes em 2003, segundo dados do INE.
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